Kaip ir daugelyje Žemaitijos miestelių, Papilėje aukščiausia ir iš toliausiai matoma raudonų plytų mūro bažnyčia, turinti šv. Juozapo vardą. Vyskupas M. Valančius rašė, jog pirmoji bažnyčia Papilėje pastatyta 1493 metais, tais pačiais, kai Papilės dvaras atiteko žemaičių vyskupų valdomai Luokei. Tačiau kiti istorikai spėja, kad jei ne bažnyčia, tai koplyčia Pilies kalne galėjo būti pastatyta jau Vytauto ir Jogailos laikais, pirmaisiais XV a. dešimtmečiais.

Antroji bažnyčia Papilėje buvo konsekruota 1636 m. sausio 21 d. Šv. Dvasios, Švč. Mergelės Marijos, Šv. Mykolo Arkangelo ir Jono Krikštytojo vardais. Daugelio šventųjų globa būdinga XIV – XV a. bažnyčioms, tad čia tik pratęstos senosios tradicijos. Šventoriuje stovėjo medinė varpinė su dideliu varpu. Nuo 1774 m. Papilės parapija ir bažnyčia priklausė Viekšnių dekanatui. Trečioji, barokinio stiliaus, bažnyčia buvo statoma 1791 m. vyskupo Stepono Giedraičio pastangomis. Naujas pastatas iškilo ant pamūrio ir tituluotas Švč. Mergelės Marijos gimimo vardu. Viduje buvo 3 nauji drožtiniai altoriai. Šventoriuje buvo medinė varpinė dvejomis durimis, jos antrame aukšte kabėjo 1666, 1705 ir 1774 m. pagaminti varpai. Piliakalnyje tuo metu jau buvusiose kapinėse stovėjo vieno altoriaus medinė koplyčia. 

Klebonui Juozapui Ambrozevičiui išrūpinus Rusijos vidaus reikalų ministerijos leidimą (1879 m.), ši, ketvirtoji, bažnyčia pradėta statyti 1880 m. šalia senosios ir greta buvusio dvaro. Vienrankių kaime įrengta speciali plytų dirbtuvė. Medieną kirto netoli miestelio buvusioje giraitėje, vadintoje Spanguoline. Statyba baigta 1887 m. Tais pačiais metais bažnyčia konsekruota. Naujus varpus bažnyčiai dovanojęs iš Afrikos grįžęs Šemetaičių kaimo ūkininkas Pusčius.

Deja, Papilės bažnyčiai buvo lemta patirti ne vieną skaudų išbandymą. 1898 m. audra apgriovė abu bokštus (pataisyti tik po metų), I pasaulinio karo metais nugriuvo siena, nuardytas stogas, žuvo vargonai. Kaizerinė okupacinė valdžia rekvizavo varpus. Sugriovimus pavyko likviduoti tik 1929 metais čia savo tarnystę vykdžiusių kunigų. Antrasis pasaulinis karas vėl atnešė skriaudų: artilerijos kautynių metu buvo apgriauti abu bokštai, sudegė stogas, klebonija. Bažnyčią didelėmis klebono A. Žuko ir parapijiečių pastangomis pavyko atstatyti. Tačiau bokštų smailės į projektinį 22,6 m aukštį sugrįžo tik 1993 m.

Dabartinė bažnyčia – tai romantizmo idėjų vaizdinė išraiška. Tas laikotarpis savo idealų ieškojo praeities kultūrose ir ypač vertino viduramžių palikimą. Papilės bažnyčios neogotika rėmėsi bendraisiais senosios plytų gotikos dėsningumais, tačiau nesilaikė tradicinių kanonų. Be to, šiuo laikotarpiu jau vyravo ir įvairių praeities stilių sintezavimas (eklektika). Šias tendencijas atspindi ir planinė bažnyčios struktūra – išlaikyta lotyniško kryžiaus schema, vidaus erdvę skaido trys navos, presbiteriją (tai priekyje esanti paaukštinta šventovės dalis, skirta didžiajam altoriui) užbaigia trisienė apsidė, pagrindinį fasadą formuoja du bokštai.

Papilės Šv. Juozapo bažnyčia: