Regioniniame parke priskaičiuojama apie 699 aukštesniųjų augalų rūšių, priklausančių 93 šeimoms ir 352 gentims. Visame parke gausu orchidinių šeimos augalų. Parke yra rastos 34 augalų rūšys, kurios yra įtrauktos į Lietuvos raudonąją knygą. Tai: šerinė kalnarūtė (Aspelenium trichomanes), totorinė maludė (Conioselinum tataricum), plačialapis begalis (Laserpitium latifolium), miškinė varnalėša (Arctium nemorosum), juodgalvė bajorė (Centaurea phrygia), vaistinis kietagrūdis (Lithospermum officinale), pavasarinis vikis (Vicia lathyroides), melsvasis gencijonas (Gentiana cruciata), miškinė mėta (Mentha longifolia), paprastoji tuklė (Pinguicula vulgaris), mėlynasis palemonas (Polemonium coreuleum), raktažolė pelenėlė (Primula farinosa), liūninė našlaitė (Viola uliginosa), sibirinis vilkdalgis (Iris sibirica),porinis česnakas (Allium scorodoprasum), meškinis česnakas (Allium ursinum), baltijinė gegūnė (Dactylorhiza longifolia), aukštoji gegūnė (Dactylorhiza fuchsii), raudonoji gegūnė (Dactylorhiza incarnata), dėmėtoji gegūnė (Dactylorhiza maculata), pievinis plauretis (Gymnadenia conopsea), vyriškoji gegužraibė (Orchis mascula), šalmuotoji gegužraibė (Orchis militaris), mažoji gegužraibė (Orchis morio), žalsvažiedė blandis (Platanthera chlorantha), rudoji viksvuolė (Cyperus fuscus), plaukuotoji jonažolė (Hypericum hirsutum), širdinė dviguonė (Listera cordata), statusis atgiris (Huperzia selago), šiurkštusis katilėlis (Campanula cervicaria), tuščiaviduris rūtenis (Corydalis cava), melsvasis mėlitas (Sesleria caerulea), raiboji gegūnė (Dactylorhiza cruente), gebenė lipikė (Hedera helix L.). Parke aptinkama stačioji dirvuolė (Agrimonia pilosa) yra įtraukta Europos Tarybos direktyvos „Dėl natūralių buveinių ir laukinės faunos bei floros apsaugos“, nes patenka į tos direktyvos antro priedo sąrašą.