Parko teritorija pagal gamtos ir kultūros vertybes, jų pobūdį, apsaugos formas ir panaudojimo galimybes skirstoma į konservacinio, ekologinio apsaugos, rekreacinio, miškų ūkio, žemės ūkio ir gyvenamosios paskirties funkcines zonas. Konservacinio prioriteto zoną, kurią apima 4019 ha (40,9 % teritorijos) plotą, sudaro 1 gamtinis rezervatas ir 8 draustiniai: 4 gamtiniai, 3 kraštovaizdžio ir 1 kultūrinis.

Griežčiausias apsaugos režimas yra vieninteliame parke esančiame Purvių gamtiniame rezervate, kurio plotas yra 109 ha. Jis įsteigtas išsaugoti unikaliam gamtiniam kompleksui, susidedančiam iš natūralios Uogio upelio slėnio atkarpos, brandžių eglynų ir drebulynų su saugomų augalų augavietėmis, saugomų paukščių – mažųjų erelių rėksnių, žaliųjų meletų, juodųjų gandrų - perimvietėmis ir maitinimosi plotais, gausia entomofauna. Jame nevykdoma jokia ūkinė veikla.

Ventos kraštovaizdžio draustinyje saugoma Ventos slėnio kraštovaizdžio etalonas su raiškiu gilinamosios ir šoninės erozijos suformuotu Ventos slėniu, unikali Papilės juros periodo atodanga, Papilės 15-kamienė liepa, kiti gamtos ir kultūros paveldo objektai, Papilės miestelio senosios dalies urbanistinė struktūra.

Virvytės kraštovaizdžio draustinyje saugomi natūralus Virvytės žemupio slėnio kraštovaizdis su griežlių ir tulžių buveinėmis, Gyvolių piliakalnis, Skleipių akmuo, kitos gamtos ir kultūros paveldo vertybės.

Uogio kraštovaizdžio draustinyje saugomas didelį gamtinių sąlygų, augalijos ir gyvūnijos įvairove pasižymintis Uogio upelio ir aplinkinių miškų kompleksas su itin gausiomis mažųjų, vyriškųjų ir šalmuotųjų gegužraibių populiacijomis, saugomų paukščių – mažųjų erelių rėksnių ir juodųjų gandrų - buveinėmis.

Purvėnų geomorfologiniame draustinyje saugoma raiški Ventos slėnio atkarpa su Purvių atragiu ir Purvių atodanga.

Avižlio hidrografiniame draustinyje saugomas natūralus Avižlio žemupys kaip nedidelių Ventos intakų etalonas.

Dabikinės hidrografiniame draustinyje saugomas natūralus pelkėtas Dabikinės žemupio slėnis.

Užpelkių botaniniame-zoologiniame draustinyje siekiama išsaugoti biologiniu požiūriu itin vertingą natūralaus Avižlio upelio slėnio ir aplinkinių miškų kompleksą su etaloninėmis upių slėnių augalų bendrijomis, gausia entomofauna, saugomų augalų augavietėmis, saugomų vandens ir pelkių paukščių buveinėmis.

Viekšnių urbanistiniame draustinyje siekiama išsaugoti Viekšnių miesto istorinės dalies urbanistinę (planinę, erdvinę, tūrinę) struktūrą, tradicinį visos teritorijos ir joje esančių atskirų sklypų užstatymo tipą (-us), tradicinę statinių architektūrinę išraišką, Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios statinių kompleksą, kitus jame esančius kultūros paveldo objektus ir jų aplinką.